股权投资差额形成的主要原因是投资者在证券市场向第三方购买股权时，购买价格高于或低于按持股比例计算的应享有份额。这是投资过程投资双方共同自愿形成的结果。

投资企业的初始投资成本大于应享有被投资单位所有者权益的份额，可能是由于被投资单位按公允价值计算的所有者权益高于账面价值或有未入账的商誉;反之，则可能是由于被投资单位的某些资产高估或存在负商誉。

股权投资差额的计算公式为：股权投资差额=初始投资成本-投资时被投资方所有者权益×投资持股比例。